一人親方として現在加入していますが、「除染作業」をすることになった場合、届出が必要ですか

はい。一人親方等として特別加入している方が、東日本大震災の復旧・復興のため、新たに除染の業務に就く場合は、「除染作業」を行う届出が必要です。 この件についての厚生労働省よりのお知らせはこちらです。